Vom Hl. Bonifatius 739 zum Bistum erhoben, gehört Regensburg zu einem der größten Bistümer in Bayern. Fast 200 Jahre ist Regensburg dem Erzbistum Salzburg untergeordnet; erst 972 unter dem heiligen Bischof Wolfgang erlangt es wieder Eigenständigkeit. Wolfgang ist zusammen mit Emmeram und Erhard, die im 7. Jhdt. das Christentum in Regensburg verkündeten, Bistumspatron.
Im Laufe des 12. Jhdts. kommt es zu vielen Klosterneugründungen im Bistum. 1270 beginnt man mit dem Bau einer der bedeutendsten gotischen Kirchen im süddeutschen Raum - dem Dom St. Peter in Regensburg. Albertus Magnus, ein bedeutender Kirchenlehrer, wird kurzzeitig Bischof von Regensburg.
Die Reformationszeit und der Dreißigjährige Krieg treffen das Bistum hart. Immer wieder kommt es zu Auseinandersetzungen und die Bevölkerung wechselt mehrfach die Konfession.
Im 19. Jhdt. spalten sich das sog. Hochstift und die Stadt Regensburg vom Fürstentum Regensburg ab. 1810 fällt zunächst das Fürstentum, kurz darauf auch das Hochstift und die Stadt Regensburg an das Königreich Bayern. Eine Neueinrichtung des Bistums Regensburg erfolgt 1817 im Zuge des Bayerischen Konkordats.
Das Bistum Regensburg besitzt heute 33 Dekanate auf 15.000 qkm.