Im 7. Jhdt. bringen die drei irischen Mönche Kilian, Kolonat und Totnan den christlichen Glauben in die Würzburger Region. Auch als "Apostel der Franken" bezeichnet finden sie 689 den Märtyrertod. Sie sind Bistumspatrone. Gegen 741 begründet der Hl. Bonifatius offiziell das Bistum Würzburg. Er setzt den Hl. Burkard als ersten Bischof ein. Unter Bischof Adalbero werden 300 Jahre später der Dom sowie die Neumünsterkirche in Würzburg fertiggestellt.
Rasch entfaltet sich das Christentum im Bistum, da es bald nach Osten und Norden hin missionarisch tätig wird. Zahlreiche Ordensgemeinschaften lassen sich in Würzburg nieder; darunter 1221 das erste Franziskanerkloster nördlich der Alpen.
Im Zeitalter des Barock erlebt das Bistum durch die Fürstbischöfe des Hauses Schönborn Glanzzeiten im Kirchenbau. Zahlreiche Klöster und Kirchen werden in der neuen Baustilart erbaut und umgestaltet.
Während des Dritten Reiches ist der massive Widerstand unter Bischof Matthias Ehrenfried aus dem Bistum Würzburg gegen die Nationalsozialisten hoch zu würdigen. In keinem anderen Bistum werden so viele Geistliche verhaftet, wie in Würzburg. Nach dem Krieg hat Würzburg mit weiteren Konflikten zu kämpfen. Das Dekanat Sachsen-Meiningen liegt ab 1949 auf dem Gebiet der DDR.
Jahrelange Spannungen mit dem SED-Regime bis zum Mauerfall 1989 sind allgegenwärtig. Jedoch trennt sich Würzburg kirchenrechtlich nicht von seinem Dekanat, auch als den Bischöfen 1958 die Einreise verweigert und das Dekanat eigenständig von einem Apostolischen Administrator verwaltet wird. Nach der Wiedervereinigung gründet die Katholische Kirche aus Sachsen-Meiningen das neue Bistum Erfurt.
Das Bistum Würzburg umfasst heute 20 Dekanate.